Para alterar a forma de envio do pedido para "Entrega Própria" é bem fácil. É necessário que a etiqueta Madeira Envios tenha sido gerada, e após é só realizar o cancelamento da mesma.
Para isso basta seguir as instruções abaixo:
1. Acesse a página Pedidos > Minhas Etiquetas > E depois selecione a opção "Minhas Etiquetas".
2. Clique em ações e posteriormente "Cancelar etiqueta":
3. Abrirá uma tela para dar continuidade ao cancelamento, e é necessário que na opção "Motivo" você selecione "Vou enviar o pedido por conta própria". 
4. Após seguir as instruções o pedido será atualizado automaticamente para "Entrega Própria" e o repasse dos valores do frete serão repassados a sua loja. Desta forma você deve inserir as informações de rastreio, conforme imagem abaixo:
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